منابع بهائى توجه دولت روس به سرنوشت ميرزاحسينعلى نورى را با علاقه خاص دختر سفير روس به مشار اليه پيوند مىدهند.اين ادعا با سير تاريخى وقايع سازگار نيست، چرا كه پس از رسيدن به بغداد، ميرزا حسينعلى نامهاى به سفير روس نگاشت و از وى و دولت روس جهت اين حمايت قدردانى كرد. سالها بعد نيز در لوحى خطاب به نيكلاويچ الكساندر دوم به اين كمك سفير روس اشاره و از دولت روس سپاسگزارى نمود. وجود چنين مواردى در مكتوبات و نامههاى ميرزا حسينعلى و اخلاف او سبب شده است كه موضوع ارتباط دول استعمارى با آيين هاى بابى و بهائى، يكى از مسائل جدى و پر مناقشه تاريخ بهائيت شود. على رغم ادعاى برخى رديه هاى موجود، سند متقنى در مورد اينكه دولت هاى استعمارى پديدآورنده آيين هاى بابى و بهائى باشند در دست نيست. تاريخ تكوين اين دو مذهب، بيش از هر چيز، دگرانديشى فرقهاى در درون مكتب شيخى و تنش هاى اعتقادى، سياسى و تاريخى را به عنوان موجد و مسبب اصلى آنها به ذهن متبادر مىكند، ولى در علاقه دول استعمارى به پيگيرى حوادث آنها، و گاهى دخالت آشكار در سير تحولات اين آيين ها ـ از جمله فشار سياسى دولت روس براى حفظ جان ميرزا حسينعلى نورى ـ نيز هيچگونه شكى وجود ندارد.
موارد ديگرى از اين علاقه دول استعمارى، در منابع بهائى و غير بهائى گزارش شده است، از جمله در ١٢٧٨، سر آرنولد باروز كمبال ، جنرال قنسولى دولت انگلستان، با ميرزا حسينعلى در بغداد ملاقات و قبول حمايت و تابعيت دولت انگليس و مهاجرت به هند استعمارى يا هر نقطه ديگرى را به او پيشنهاد كرد. نظير همين تقاضا را نايب كنسول فرانسه در ايامى كه وى در ادرنه بود از او داشت و از وى خواست كه تابعيت فرانسه را بپذيرد تا مورد حمايت و تقويت قرار گيرد. نامق پاشا، والى بغداد، نيز كه گاه به جذب ايرانيان مخالف دولت بىميل نبود، با ميرزا حسينعلى به غايت احترام رفتار مىكرد و به تذكرات دولت ايران اعتنايى نداشت. در ايام اقامت او و بابي ها در عراق و استانبول، براى ايشان مقررى نيز تعيين شده بود كه بعدها ميرزا حسينعلى از اينكه قبول شهريه از دولت نموده بود، اظهار پشيمانى مىكرد. پس از تبعيد ميرزا حسينعلى به بغداد، اين شهر و شهرهاى كربلا و نجف مركز ثقل فعاليت هاى بابيان شد و روز به روز بر جمعيت ايشان افزوده مىشد. ميرزا يحيى نيز كه عموم بابيان او را جانشين بلا منازع باب مى دانستند و در هنگام تيراندازى به شاه در نور بسر مىبرد، توانسته بود با لباس درويشى و عصا و كشكول، مخفيانه به بغداد برود. او چهار ماه زودتر از بهاء الله به بغداد رسيد اما بنابر روش سابق، اكثر اوقات را در خفا مىگذراند و ميرزا حسينعلى عملا رهبرى بابيان را در دست داشت.
اين موقعيت از يك سو و بروز برخى ادعاها در ميان بابي ها از سوى ديگر، سبب شد كه ميرزا حسينعلى گهگاه نزد خاصان خويش داعيه هايى را مطرح كند و به تصرف مسند رياست بابيان بينديشد، اما بعضى از قدماى بابيه رفتار رياست طلبانه و تمهيدات او را براى كنار زدن برادرش دريافتند و موضوع را به ميرزا يحيى گوشزد كردند و در نتيجه آن، ميرزا حسينعلى بغداد را ترك گفت و با نام مستعار «درويش محمد» به مدت دو سال، در جبال سليمانيه عراق، در ميان دراويش نقشبنديه و قادريه زيست. سرانجام نيز با نوشتن نامه و «عريضه» اى ترحمانگيز برادر را بر سر مهر آورد ـ و به تعبير خودش «از مصدر امر حكم رجوع صادر شد». بعد از بازگشت به بغداد، ميرزا حسينعلى همچنان خود را مطيع برادرش مى دانست و در ١٢٧٨ كتاب ايقان را در اثبات دعاوى باب نوشت و بر انقياد خود نسبت به جانشين او (يحيى، كلمه مستور) تأكيد كرد. موضوع ديگرى كه در سالهاى اقامت بابيان در بغداد (١٢٦٩-١٢٧٩)روى داد، دعوى «من يظهره اللهى» چند تن از آنان بود. «من يظهره الله» (كسى كه خدا او را آشكار مىكند) عنوانى است كه باب، بعد از ادعاى شريعت جديد و تأليف كتاب بيان، براى «موعود بيان» انتخاب كرد . او در كتاب بيان فارسى، خود را مبشر اين موعود خوانده و پيروانش را به ايمان آوردن به اين مظهر جديد، كه به مراتب اعظم و اشرف از ظهور خود اوست، سفارش و تأكيد كرده بود كه «وقت ظهور من يظهره الله را جز خداوند كسى عالم نيست» . با اين همه، از تعبيرات وى بر مىآيد كه زمان تقريبى دو هزار سال را در نظر داشته است، بويژه آنكه ظهور آن موعود را به منزله نسخ بيان مى دانسته است. اما شمارى از سران بابيه به اين موضوع اهميت ندادند و چه بسا با توجه به سستى و ناتوانى ميرزا يحيى در اداره امور، و به انگيزه هاى ديگر، خود را «موعود بيان» خواندند. به نوشته ميرزا آقا خان كرمانى و شيخ احمد روحى «كار به جايى رسيد كه هر كس بامدادان از خواب پيشين بر مىخاست، تن را به لباس اين دعوى مىآراست» و به نوشته شوقى افندى، سومين رهبر بهائيان، فقط در بغداد بيست و پنج نفر اين مقام را ادعا كردند.
بيشتر اين مدعيان با طراحى ميرزا حسينعلى و همكارى ميرزا يحيى يا كشته شدند يا از ادعاى خود دست برداشتند .حضور بابيان در عراق بويژه در كربلا و نجف، مشكلات ديگرى نيز آفريد. به نوشته برخى منابع بهائى در عراق شيوه بابيان اين بود كه شبهاى تار، به دزديدن ملبوس و نقدينه و كفش و كلاه زوار اماكن مقدسه بپردازند، و به تعبير ميرزا حسينعلى «در اموال ناس من غير اذن تصرف مىنمودند و نهب و غارت و سفك دماء را از اعمال حسنه مىشمردند» . علاوه بر آن، در ميان خود بابي ها نيز بازار آشوبگرى و آدم كشى رونق داشت و برخى منابع بابى از دخالت ميرزا حسينعلى در اين فجايع خبر دادهاند. (براى فهرست كتاب هاى پيروان باب از گزارش كارهاى ميرزا حسينعلى در عراق رجوع شود به: تنبيه النائمين عزيه خانم نورى، مقدمه ناشر، ص ٢-٤) . به نوشته ادوارد براون بر اثر كثرت جنگ و جدال كه هر روزه ما بين بابيان و مسلمانان دست مىداد، از دست ايشان بناى شكايت گذاردند، دولت ايران نيز نگران آشوب گرى بابي ها بود، از اين رو از دولت عثمانى خواست كه بابي ها را از بغداد انتقال دهد و دولت عثمانى براى خاتمه دادن به اين نزاع ها، كه لا ينقطع در عراق عرب روى مى داد، در اوايل ١٢٨٠آنان را از بغداد به استانبول و بعد از چهار ماه به ادرنه كوچ داد. گفتنى است كه بابي ها در دوره اقامت بغداد، با قبول تابعيت دولت عثمانى و قرار گرفتن در حمايت آنان، اين امكان را يافته بودند كه نسبت به مقامات ايرانى با آزادى و بىپروايى و اوصاف گوناگون سخن بگويند و بنويسند (محيط طباطبايى، مجله گوهر،سال ٣، ش٥، ص٣٤٥).